В соответствии с пунктом 17 статьи 13 Закона Кыргызской Республики “О правительстве Кыргызской Республики” в целях повышения эффективности деятельности МЧС премьер-министр Кыргызской Республики утвердил структуру и штатную численность центрального аппарата МЧС КР. Структура центрального аппарата состоит из 15 управлений и отделов.